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航天科工八五一一所
南智先進光電集成技術研究院
北京大學分子醫學南京轉化研究院
南京延長反應技術研究院
人源化模型與藥物篩選創新技術研究院
江蘇省產業技術研究院智能制造技術研究所
南京協同交通產業創新發展研究院
南京信大氣象科學技術研究院
南京市市級企業技術中心認定管理辦法中，申請市級軟件企業技術中心的企業應具備以下基本條件：
申報單位為在南京市注冊的軟件企業且在南京市軟件產業統計分析平臺上填報登記的企業。
企業具備較強的經濟技術實力和較好的經濟效益，在全省同行業中具有顯著的規模優勢和競爭優勢。
市級企業技術中心認定工作每年組織一次。
注冊南京研究院的行業選擇包括但不限于：
醫學類：醫學研究院、中醫研究院、中醫藥研究院。
工程與技術類：科學技術研究院、信息技術研究院、工程技術研究院、生物技術研究院、新材料技術研究院、檢測技術研究院。
教育類：教育研究院、教育科技研究院。
農業類：農業科學研究院、農業研究院。
自然科學類：自然科學研究院、生態科學研究院。
研究院的注冊流程：
核名，建議提供預設的公司名稱 3 - 5 個，以防重名。
提交材料：注冊資金及資金比例分配、股東信息（法人身份證復印件、工作簡歷、學歷、）、經營范圍、注冊地址（可提供地址）、相關科研成果可行性報告（可代理寫）。
通過互聯網提交材料，電話約號。
去工商實地提交材料。
新型研發機構應在南京市注冊成立獨立法人運營公司。運營公司應為多元投資的混合所有制企業，原則上人才團隊持有 50%以上股份，各投資方應主要以貨幣形式出資，如確需以無形資產作價入股的，其無形資產應確權，經第三方評估后將所有權轉移至運營公司。依托國內知名高校院所行業龍頭企業國家級科研平臺，或境外知名高校院所、知名跨國公司等高水平研發平臺，具有穩定的科研成果。
為貫徹落實相關政策精神，按照市委創新辦要求，制定并印發了一系列支持政策，如對高新技術企業培育和省認定技術先進型服務企業給予支持的實施細則。
企業研發費用補助政策，根據不同規定，對通過評價的企業，根據企業研發費用情況，給予最高 10%普惠獎勵；加大高新技術企業培育引進。
完善企業培育機制，提升企業的成長性和推動高新技術企業高質量發展，實施具有“四科”特征明顯的科技型中小企業培育“筑基”工程和高新技術企業培育“強基”工程，面向高新技術企業和科技型中小企業設立關鍵核心技術攻關計劃，通過項目立項。
引進國內外知名科技服務業企業總部、地區總部及具有獨立法人資格的機構（企業），按照投資總額及服務效能，最高給予 1000 萬元獎勵。支持國內外研發機構、知名跨國公司等在寧落戶或設立研發機構，最高給予 3000 萬元支持。對實行連鎖經營的科技服務企業，允許企業總部及下屬分支機構統一在市級部門辦理工商登記和經營審批手續。舉辦“贏在南京”系列國際創新創業活動，獲獎并落地本市的項目最高可給予 100 萬元獎勵。對在高新園區落戶的獲獎項目，給予政府科技創新基金投資扶持。大力吸引天使投資、創業投資落戶，對新注冊在本市的天使投資、創業投資企業，根據實繳注冊資本（1000 萬元以上）和實際募集資金規模等給予最高 1500 萬元獎勵，重大項目可“一事一議”。
南京科研機構行業相關產業主要分布如下：
研究院/研究所占 %
科學研究占 %
咨詢占 %
培訓/培訓機構/培訓學校占 %
機電占 %
環境保護占 %
規劃設計占 %
計算機占 %
化工/化學占 %
大數據占 %
具體分析各區重點產業情況，可知南京市各區產業布局可按地理位置劃分為三大區域，中心主城區主導產業包括金融服務產業、新型電子信息產業、生物醫藥產業、高端商務商貿產業等，特色產業包括人工智能產業、科技服務業等；江北新區區域內各區主導產業包括集成電路產業、醫藥產業，新興產業包括新金融產業、數字產業；南部新城區域主導產業包括物流運輸產業等，特色產業包括文化旅游產業、綠色有機農業等。
十四五期間，構建以江南主城區為“主核”、江北新區為“主城拓展極”、紫東地區為“創新引領極”、南部片區為“新興增長極”的“一核三極”重點功能布局。著力建設制造強市。建設制造業重點承載區，市級層面加強產業規劃和空間布局統籌，區級層面加強項目準入統籌，促進產業集聚發展。加快建設以工業設計、系統集成、檢驗檢測等為主的都市型工業新載體。加快制造業高質量發展試驗區建設，支持建設濱江千億級先進制造業新高地。支持國防科技工業布局，建設江北新區、江寧、秦淮、玄武等國防科技工業集聚區。
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